在这次海禁令发布后隔年获得前往大员（弯岛）许可证仅有6张，而前来的船只更少于此数量，这种状况使得荷兰的贸易陷入困境。
荷兰东印度公司终于对于大明失去了耐性，在汉斯·普特曼斯至巴达维亚回报状况后，巴达维亚的决策者决定以海上掠劫的方式逼迫大明答应其要求。
崇祯六年，巴达维亚方面于四月份派出船只前往大员通报即将到来的作战，本队集中了6艘帆船于五月出发，另外也集中了各地巡逻中或是顺路武装商船前往作战。
他们计划趁西南季风吹起的夏季大明商人会自南方各地回国，在此时机对这些船只进行掠劫。
作战目的为“对大明福建沿海进行掠劫活动逼使明廷答应其贸易需求。”
“率领其全部（作战）力量，从大明南部转移驶入福州湾，一路上可烧杀抢掠，毁掉视野内的一切！”（《荷兰人在福尔摩沙》）
崇祯六年的荷兰虽然还没有从西班牙的统治中独立，但航海和贸易已获得极大发展。已处于其历史上着名的“黄金时代”发端期。
当时，荷兰海军方面主力战舰共十一艘，由普特曼斯指挥，另有旗舰密德堡及一艘中国戎克船打狗号，此外还包括海盗刘香带来的50艘海盗船。
荷兰海军主力舰均为盖伦船，这是一型极为优秀的帆船。通常拥有两层或多层甲板。
为了追求更强的火力，西方在船舶设计方面开始追求更大的船型。盖伦船则成为这一造船思想指导下的产物。（《怒海争锋》中杰克船长的“惊奇”号，配炮28门，标准6级舰；《加勒比海盗》中的“拦截者”号，配炮18门，属于未定级战舰。这些军舰都是采用盖伦船设计。）
而大明这边几乎全是小型船只。
在明末，国产船舶已不再是明初下西洋时候那种艨艟巨舰。反而被朝廷制约的只能向小型化发展。这种船舶必然不可能装载更多的火炮和士兵。总体战斗力也会比较弱。
一般船长约10丈，配备2门火炮在大明就算主力战船了。而荷兰的三桅帆船载炮10门以上。
上月初，新任荷兰大员长官普特曼斯率领以密德堡号为旗舰的十三艘荷兰战舰，以突然袭击的方式对明朝管辖的南澳发起了进攻。
明南澳守军立即还击，激战中，把总受重伤，17名明军将士阵亡，而荷军亦有相当伤亡，不得不解围北上。转而去突袭厦门港。
此时南澳战斗的消息尚未传来，明军厦门守将张永产正在泉州操办器械，郑芝龙也正在率主力部队在福宁剿匪。
荷军突袭击沉大明25~30艘大型战船及15~20艘小型战船。随后分兵四处劫掠突袭。
接着郑芝龙派遣代表前往荷兰舰队，并提出只要停止战争并撤回大员即可派出船只与大员贸易。
荷兰方面回绝此要求，提的条件是大明立即停止同西班牙、葡萄牙等国的贸易，只能与荷兰人贸易，否则将再度开战。
之后小打小闹的冲突中双方互有胜负。
7月份，明朝这边开始动员，除了军队以外征调民船以及物资制造火船，并对火船士兵发出：“烧掉荷兰船得200两赏银，取一个荷兰人头颅得50两赏银”宣告。
同时崇祯皇帝严令惩荷。
过了台风季，九月份最终爆发了料罗湾大战。
荷兰舰队8艘帆船以及海盗50艘大小帆船与明朝水师50艘大型战船100艘火船对抗。黎明，得到可靠情报的明军主力一百五十艘战船悄悄开到了金门岛南部的料罗湾口，在那里，正停泊着荷兰-刘香联合舰队的全部主力。
最终，“计生擒夷众一百一十八名，馘斩夷级二十颗，焚夷夹版巨舰五只，夺夷夹版巨舰一只，击破夷贼小舟五十余只，夺盔甲、刀剑、罗经、海图等物皆有籍存。而前后铳死夷尸被夷拖去，未能割级者，累累难数，亦不敢叙。”
参战的刘香战船五十艘全军覆没在了料罗湾。
虽然明朝宣称胜利，但东南海权自此落入郑芝龙一人掌控。
“海舶不得郑氏令旗，不能往来。每—舶例入三千金，岁入千万计，芝龙以此富敌国。”
“八闽以郑氏为长城。”
最后，需要说明的是，同时期的欧洲装备四五十门火炮的都只算轻装战舰。配十几门炮的武装商船毫不起眼。
百年海军，压力山大。
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