接下来的日子，陈舟和零暂时在“避难所”安顿了下来。
这个隐藏在城市地下的秘密据点，虽然环境简陋，资源匮乏，但却有着一种与地表截然不同的氛围。没有了主脑无处不在的监控和冰冷的秩序规则，人们（主要是“失落序列”和一些对主脑不满的普通人）虽然依旧挣扎求生，但眼神中多了几分自由和人味儿。
陈舟很快便适应了这里的生活。他利用自己携带的一些来自森林世界的草药（主要是疗伤和恢复精力类的），以及一些简单的生存技巧，帮助据点解决了一些实际困难，比如改善居住环境的通风、利用发光苔藓制作更有效的照明等等。这些举动，再加上他是银面队长亲自带回来、并且救了“幽灵”零的人，让他很快赢得了据点里大部分人的初步认可和尊重。
零则在莉莉的照顾下，伤势恢复得很快。或许是因为与陈舟建立了信任，又或许是星图烙印被激活带来了一丝希望，他不再像以前那样沉默寡言、时刻紧绷着神经，偶尔也会和莉莉拌拌嘴，甚至会主动向陈舟请教一些关于“外面世界”的事情。
陈舟也没有闲着。他一方面抓紧时间恢复道标的能量（地下世界的能量虽然驳杂，但聊胜于无，他主要还是依靠自身冥想和之前储存的能量果实），另一方面则开始系统地了解这个世界和“暗影”组织。
他从莉莉那里借来了据点内部使用的、经过特殊加密的符文信息板（类似平板电脑），利用道标的“信息库”和“初级语言通识”功能，开始疯狂地学习这个世界的语言、历史（虽然大部分被主脑篡改过）、符文科技的基础知识，以及“暗影”组织收集到的、关于主脑和各个反抗分队的情报。
他还旁敲侧击地向莉莉和据点里一些相对友善的人打听关于“失落序列”的信息。他发现，“失落序列”的种类远比他想象的要多。有像零这样继承了某种血脉烙印的；有因为意外接触到先驱者遗物而发生变异的；有天生精神力强大、能够抵抗主脑精神控制的；甚至还有一些本身就是主脑早期实验失败的“残次品”。
他们大多能力诡异，难以被主脑的常规程序理解和掌控，因此被视为威胁。但同时，他们也往往因为自身能力的不可控或副作用，生活得异常艰难，并且时刻面临着被追杀的危险。
“暗影”组织的存在，对于这些“失落序列”来说，既是庇护所，也是唯一的希望。
陈舟还了解到，“暗影”组织内部也并非铁板一块。不同的分队之间，因为理念、资源、地盘等问题，也存在着竞争甚至摩擦。银面所在的第三分队，在城西区域算是实力较强、也比较务实的一支，但同样面临着资源短缺、人手不足以及主脑不断清剿的巨大压力。
“银面队长…她很不容易。” 莉莉在一次闲聊中，看着远处正在部署防御任务的银面背影，轻声对陈舟说道，“她是先驱者的后裔，背负着家族的使命和仇恨，一直很辛苦。”
陈舟默然。他能感受到银面那冰冷面具下的坚韧和决心。在这个残酷的世界里，领导一支反抗力量，所要承担的压力可想而知。
随着对这个世界了解的加深，陈舟也开始思考自己在这里的定位。
他并非这个世界的原住民，也没有背负国仇家恨。他的首要目标仍然是提升实力、探索秘密、寻找回归之路。
但同时，他也无法对眼前这些挣扎求生、渴望自由的人们完全视而不见。特别是零，这个与他有着奇特联系的少年，他答应过要帮助他激活星图烙印。
或许加入“暗影”，或者至少与他们保持合作，是一个双赢的选择？他可以利用组织的资源和情报网络，更快地了解这个世界，寻找关于星辰旅者的线索；同时，他也可以用自己的能力，帮助组织对抗主脑，改善据点的生存环境。
就在陈舟思考着这些问题的时候，据点内部的气氛，悄然发生了一些变化。
他敏锐地察觉到，最近几天，据点内部的巡逻明显加强了，一些重要的通道口甚至设置了新的符文陷阱。银面、铁锤和终端等人也变得更加忙碌，经常聚在一起低声讨论着什么，脸上带着凝重的表情。
“出什么事了吗？” 陈舟找到莉莉，低声问道。
莉莉的脸上也带着一丝紧张：“是…是‘清道夫’终端截获了主脑的内部信息，它们好像要在城西区域进行一次大规模的‘清理’行动…”
“清理行动？” 陈舟心中一凛。
“嗯” 莉莉点了点头，小脸有些发白，“主脑会定期对地下网络进行清扫，清除掉像我们这样的‘垃圾’，这一次规模好像特别大，可能与上次能源塔爆炸有关。主脑似乎察觉到了什么…”
大规模清理行动！
陈舟立刻意识到，这不仅仅是针对“暗影”组织的威胁，更是对他和零的直接威胁！主脑很可能已经将他们锁定为重点目标！
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